La seconda parte del percorso è dedicata al periodo della signoria sforzesca, che va dal 1450, anno dell’elezione di Francesco Sforza a duca di Milano, al 1535, quando, con l’estinguersi della sua discendenza diretta, lo stato passò sotto il controllo della monarchia spagnola.

Testimonianze di quest’epoca sono uno splendido polittico di gusto tardo-gotico realizzato attorno al 1450 e forse destinato alla Cappella di Teodolinda, e alcuni pannelli di gusto rinascimentale pertinenti a due pale d’altare per le cappelle laterali della basilica, dipinte nel 1478-80 dal milanese Stefano de’ Fedeli, autore anche dei cartoni preparatori per il rosone della facciata, messo in opera alla fine del Quattrocento e ora sistemato al centro del Museo, su una parete alta circa 12 metri, appositamente approntata per ospitarlo.

Ai primi decenni del Cinquecento risalgono invece due arazzi copri leggio di fattura lombarda, raffiguranti san Giovanni Battista, e altri tre rari arazzi fiamminghi Millefleurs sistemati nella sala inferiore. Coeve sono le statue lignee policrome pertinenti a una Crocifissione sistemate all’uscita della sala, accanto a un’altra anta dell’organo con la raffigurazione di San Giovanni al Limbo, che condivide con le statue un’attribuzione alla bottega dei De Donati.

Della seconda metà del secolo sono invece i magnifici arazzi dedicati alle Storie di san Giovanni Battista che venivano annualmente esposti in duomo nel giorno della festa del santo (24 giugno). Furono realizzati su cartone di Giuseppe Arcimboldi, autore con Giuseppe Meda dell’affresco con l’Albero di Jesse sulla testata del transetto meridionale (1556-1562 circa).

Numerose erano in età sforzesca le chiese che costellavano la città: alcune di antica origine, altre più recenti, sono oggi in buona parte distrutte, ma sono testimoniate in museo da dipinti e sculture, tra cui un bel polittico in terracotta del 1540-1460 circa proveniente dalla chiesa di San Pietro Martire.